MSC-märkning är något som är viktigt. Den visar att fisken är hållbart fångad. Men det finns också problem med märkningen. Ett av problemen är att MSC-märkning är dyrt vilket fått till resultat att kustnära småskaligt fiske sällan har MSC-märkning. Detta trots att detta fiske ofta är både hållbart såväl som klimat- och miljövänligt. Är fisken inte MSC-märkt är den svår att sälja och om den ändå skulle gå att sälja så blir priset lägre.
En konsekvens av problematiken är också att svensk fiskindustri har svårt att få tag på råvara då de ofta kräver att fisken de köper ska vara MSC-märkt. Resultatet blir bl.a. att de istället för att köpa lokalt fångad fisk importerar fisk fångad långt bort och i andra länder. Konsekvenserna är dubbelt negativa för svensk fiskindustri och svenskt fiske. Minskad efterfrågan på svensk fisk från kustnära fiske gör inkomsterna mindre och fisket olönsamt. Svårigheter att få tag på råvara i närområdet ger fiskindustrin lägre lönsamhet Det innebär att den flyttar till andra länder för att komma närmare råvaran eller för att få ner lönerna, båda åtgärderna vidtas för att öka lönsamheten.
Lokalt fångat från kustnära fiske borde vara lika efterfrågat som MSC-märkt fisk då den även om den inte har märkning i allmänhet uppfyller alla krav som kan ställas på fisk för att den ska bli MSC-märkt. De som köper och säljer fisk bör därför minska sitt fokus på MSC och även ha ett fokus på lokalproducerat och lokalfiskat. Bland företag som borde tänka på detta återfinns ICA, Axfood och Coop, stora fiskhandlare såväl som Lerøy, Orkla och andra fiskindustrier.
Det finns också arbete för att ändra MSC:s bedömningsgrunder för att möjligggöra att allt fiske på samma bestånd blir MSC-märkt, dvs om silltrålare får MSC-märkning för sill från Skagerak gäller det automatiskt även garnfisket på sill. Om makrillen är MSC-märkt i nordatlanten så ska det i så fall även gälla garnfisket vid Sveriges kust då det sker på samma bestånd. Så fungerar det inte idag. Frågan är en som den sådan ändring vore bra. För rimligen borde det gå att MSC-märka den garnfiskade makrillen men inte den som som fångas med trål och snörpvad i Nordatlanten och omvänt.
Idag är det också möjligt för fisken där bifångsten uppgår till 70% av den totala fångsten att få MSC-märkning. Ett sådant fiske är det danska kräftfisket i Kattegatt och Skagerak. Det mesta av bifångsten, huvudsakligen sandskädda (ising) och skrubba, slängs ut död i havet. Det känns orimligt att ett sådant fiske ska ha MSC-märkning. Kvoterad bifångst som torsk, kolja, rödspätta etc i allmänhet landas. Även en del okvoterade arter som rödtunga (skærising) landas i allmänhet.
